De klimaateffecten van luchtvaartbeleid kunnen niet exact worden vastgesteld. Er is sprake van drie typen onzekerheden die zich op verschillende momenten in de effectbepaling voordoen:

• Toekomstonzekerheid: MKBA’s beschouwen doorgaans een periode van 50 tot 100 jaar. De toekomstige vraag naar luchtvaart, beschikbare luchthavencapaciteit, technologische ontwikkelingen en de opwarming van de aarde laten zich echter niet precies voorspellen. Toekomstonzekerheden worden in MKBA’s doorgaans ondervangen door de effecten door te rekenen voor verschillende toekomstscenario’s;
• Beleidsonzekerheid: Het nationale en internationale beleid ten aanzien van de luchtvaart en het klimaat zijn eveneens onzeker. Een ambitieuzer internationaal klimaatbeleid leidt er bijvoorbeeld toe dat aanvullend nationaal beleid minder effectief wordt (en vice versa). Beleidsonzekerheden kunnen in beeld worden gebracht met gevoeligheidsanalyses;
• Kennisonzekerheid: Tenslotte is sprake van verschillende kennisonzekerheden, simpelweg omdat bepaalde effecten op basis van bestaande modellen en kennis (nog) niet exact kunnen worden ingeschat. Kennisonzekerheden kunnen eveneens worden ondervangen middels gevoeligheidsanalyses.

De grootste (kennis)onzekerheid betreft het opwarmende effect van niet-CO₂ componenten, met name die van contrails en stikstof (NO_x). Dit komt doordat: (1) het opwarmende effect van niet-CO₂ componenten nog vooral gebaseerd is op een beperkt aantal modellen en expert judgement, (2) bepaalde processen in de atmosfeer nog niet goed worden begrepen en (3) het opwarmende effect van de verschillende componenten afhankelijk is van meerdere factoren, waaronder levensduur, plaats, tijd en hoogte.

Vanwege deze onzekerheden wordt het opwarmende effect van niet-CO₂ in MKBA’s voorlopig middels een opslagfactor afgeleid uit het effect van CO₂. De bijdrage van niet-CO₂ aan het totale klimaateffect van de luchtvaart zal in de toekomst waarschijnlijk afnemen. Regulering en technologische ontwikkelingen zorgen ervoor dat niet-CO₂ componenten minder voorkomen. Dat zal vanwege de beperkte levensduur van niet-CO₂ direct effect hebben op het beperken van de opwarming. Dit in tegenstelling tot CO₂, dat zelfs honderden tot duizenden jaren na de uitstoot blijft bijdragen aan de opwarming. Wanneer de bijdrage van niet-CO₂ aan het klimaateffect afneemt, dan zal de opslagfactor voor niet-CO₂ in MKBA’s ook moeten afnemen in de tijd.